22 października 2008 r. Instytut skierował do Marszałka Senatu RP oraz do Senatorów apel o nieakceptowanie ustawy o zmianie ustawy o ochronie gruntów rolnych i leśnych w brzmieniu uchwalonym przez Sejm RP w dniu 10 X i o wprowadzenie poprawki, aby zlikwidować zapis wyłączający całkowicie działanie ustawy w odniesieniu do gruntów rolnych stanowiących użytki rolne położone w granicach administracyjnych miast. InE uznało iż wyłączenie działania ustawy w odniesieniu do tych gruntów – jeśli zostanie zrealizowane – to w praktyce zlikwiduje ochronę gleb na obszarach miejskich w Polsce, będzie skutkowało głównie znacznym pogorszeniem warunków życia ludzi w miastach oraz degradacją ekosystemów na terenach miejskich. Apel Instytutu został zamieszczony na stronie internetowej Instytutu i szeroko rozesłany do mediów, niestety niewiele mediów uwzględniło ten apel – informację nt. Stanowiska InE zamieścił Serwis Samorządowy PAP’u, interesował się nim też Przekrój, ale ostatecznie nie zamieścił tej informacji.
Ponieważ apel do Senatu nie poskutkował i ustawa została uchwalona wraz z tym niekorzystnym zapisem, Instytut skierował swoje stanowisko do Kancelarii Prezydenta by umożliwić Prezydentowi zapoznanie się z nim przed ewentualnym podpisaniem ustawy. Po zawetowaniu ustawy przez Prezydenta (Prezydent uwzględnił w swej decyzji m.in. stanowisko Instytutu i zostało ono wymienione w uzasadnieniu Weta) Instytut na przełomie listopada i grudnia 2008 r. skierował ponownie apel do Parlamentu – w tym przypadku do Sejmu – o nieodrzucanie weta Prezydenta przez posłów, niestety ten apel też nie został uwzględniony.